ระบบการจัดเก็บเอกสารที่ดีควรเริ่มต้นจากการวางแผนและกำหนดนโยบายที่ชัดเจน โดยต้องคำนึงถึงประเภทของเอกสาร ระยะเวลาการเก็บรักษา และระดับความสำคัญของข้อมูล นอกจากนี้ ควรมีการจัดหมวดหมู่เอกสารอย่างเป็นระบบ เช่น แยกตามแผนก ตามประเภทธุรกรรม หรือตามปีงบประมาณ
การจัดเก็บเอกสารในยุคดิจิทัลควรผสมผสานระหว่างการเก็บเอกสารกระดาษและระบบอิเล็กทรอนิกส์ สำหรับเอกสารสำคัญที่ต้องเก็บตัวจริง ควรมีตู้เอกสารที่มั่นคงแข็งแรง มีระบบป้องกันการสูญหายและภัยพิบัติต่างๆ ส่วนเอกสารทั่วไปควรสแกนเก็บในระบบดิจิทัล เพื่อประหยัดพื้นที่และค้นหาได้ง่าย
สำหรับการจัดเก็บเอกสารในรูปแบบดิจิทัล ควรมีระบบการจัดการเอกสารอิเล็กทรอนิกส์ (Electronic Document Management System – EDMS) ที่มีประสิทธิภาพ ระบบนี้ควรมีคุณสมบัติในการจัดหมวดหมู่ การค้นหา การกำหนดสิทธิ์การเข้าถึง และการสำรองข้อมูล
การจัดเก็บเอกสารที่มีประสิทธิภาพต้องมีการกำหนดระยะเวลาการเก็บรักษาที่เหมาะสม โดยต้องพิจารณาจากข้อกำหนดทางกฎหมาย ความจำเป็นทางธุรกิจ และพื้นที่จัดเก็บที่มีอยู่ ควรมีตารางกำหนดอายุการเก็บเอกสารที่ชัดเจน และมีการทำลายเอกสารที่หมดอายุอย่างเป็นระบบ
นอกจากนี้ การฝึกอบรมพนักงานให้เข้าใจระบบการจัดเก็บเอกสารเป็นสิ่งสำคัญ ทุกคนในองค์กรควรเข้าใจวิธีการจัดเก็บ การค้นหา และการจัดการเอกสารอย่างถูกต้อง รวมถึงต้องมีการกำหนดผู้รับผิดชอบในการดูแลระบบการจัดเก็บเอกสารอย่างชัดเจน
การตรวจสอบและประเมินระบบการจัดเก็บเอกสารควรทำเป็นประจำ เพื่อให้แน่ใจว่าระบบยังคงมีประสิทธิภาพและตอบสนองความต้องการขององค์กร ควรมีการรับฟังความคิดเห็นจากผู้ใช้งานและปรับปรุงระบบอย่างต่อเนื่อง
สิ่งสำคัญอีกประการหนึ่งคือการรักษาความปลอดภัยของข้อมูล ต้องมีระบบป้องกันการเข้าถึงข้อมูลที่ไม่ได้รับอนุญาต การเข้ารหัสข้อมูลสำคัญ และการสำรองข้อมูลอย่างสม่ำเสมอ โดยเฉพาะเอกสารที่มีความอ่อนไหวหรือเป็นความลับทางธุรกิจ
การนำเทคโนโลยีใหม่ๆ มาใช้ในการจัดการเอกสาร เช่น ระบบคลาวด์ หรือระบบการจดจำตัวอักษร (OCR) จะช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการทำงานได้มากขึ้น แต่ต้องคำนึงถึงความคุ้มค่าในการลงทุนและความพร้อมของบุคลากรในการใช้งานระบบใหม่ด้วย